A fim de mostrar a complexidade da organização das viagens, a Nau Quinhentista apresenta os aposentos de alguns dos tripulantes, assim como os próprios elementos da tripulação, através de esculturas humanas: o capitão, o piloto, o escrivão, o capelão, o boticário, o timoneiro, o bombardeiro e o grumete.

Simultaneamente, estão expostos vários instrumentos de navegação, material cartográfico, diferentes tipos de mercadorias, uma botica, procurando elucidar sobre a complexidade e as vicissitudes da vida a bordo.